Résumé complet
L'histoire débute en AD 2314, deux ans après la fin de la deuxième saison de la série télévisée. Après la déroute des Innovators qui étaient menés par Ribbons Almark, l’humanité semble enfin s’engager sur la voie de la paix. L'organisation militaire Celestial Being a pratiquement cessé ses interventions, tandis que la Fédération Terrienne tente de construire une société moins dépendante de la force militaire. Saji Crossroad continue notamment de veiller sur Louise Halevy, toujours traumatisée physiquement et psychologiquement par la guerre. Dans l’espace, Celestial Being prépare cependant un nouveau Gundam, le 00 Qan[T], conçu pour exploiter pleinement les capacités de Setsuna F. Seiei, désormais devenu un véritable Innovator.
La situation bascule lorsqu’une ancienne sonde spatiale appelée Europa, envoyée vers Jupiter 130 ans auparavant, revient mystérieusement vers la Terre. Elle est détruite par l’Innovator Descartes Shaman, mais des débris atteignent la planète. Peu après apparaissent des phénomènes inexplicables : des machines se comportent de manière autonome et certaines personnes sont attaquées ou assimilées par une étrange matière métallique. Les responsables découvrent alors l’existence des ELS (Extraterrestrial Living-metal Shape-shifters), une forme de vie extraterrestre capable de fusionner avec la matière et les organismes qu’elle rencontre. Leur comportement est extrêmement difficile à comprendre : ils semblent chercher à communiquer ou à acquérir des informations, mais leur méthode d’assimilation est perçue par l’humanité comme une invasion.
La Fédération décide rapidement que les ELS représentent une menace existentielle et tente de les combattre. Une première expédition militaire est envoyée vers Mars, mais elle tourne au désastre : les ELS assimilent les Mobile Suits et les vaisseaux ennemis, augmentant ainsi leurs propres capacités. Leur nombre est gigantesque et leur approche finit par menacer directement la Terre. Face à cette situation, Celestial Being reprend les armes. Setsuna, Lockon, Allelujah et les autres Meisters rejoignent la bataille avec de nouvelles machines, notamment le Gundam Zabanya et le Gundam Harute. Mais même leurs puissantes armes ne suffisent pas à contenir l’ennemi.
Au cœur du conflit se trouve cependant un problème beaucoup plus important que la simple survie militaire : personne ne comprend réellement les intentions des ELS. Grâce à ses capacités d’Innovator, Setsuna est le seul capable d’établir un véritable contact mental avec eux. Une première tentative tourne mal et surcharge son cerveau, le plongeant dans un état critique. Pendant ce temps, les combats deviennent désespérés et plusieurs personnages se sacrifient pour ralentir les ELS. Setsuna finit par se réveiller, comprenant progressivement que la véritable mission préparée par Aeolia Schenberg depuis des siècles n’était pas simplement de donner à l’humanité les moyens de gagner des guerres : elle devait préparer celle-ci à rencontrer une intelligence extraterrestre et à parvenir au dialogue.
Setsuna prend alors les commandes du 00 Qan[T] et s’enfonce seul au cœur de l’immense masse d’ELS. Plutôt que de chercher à les détruire, il utilise ses capacités quantiques pour établir une connexion directe avec leur conscience collective. Cette fois, il parvient à comprendre leur véritable nature : les ELS ne sont pas animés par la haine ou par la volonté de conquérir la Terre. Ils cherchent simplement à comprendre une autre forme de vie et à communiquer avec elle, mais leur manière de procéder est incompatible avec celle des humains. Setsuna leur transmet alors sa propre compréhension de l’humanité, de ses émotions et de ses contradictions. Le contact transforme progressivement leur perception des humains et met fin à l’affrontement.
Finalement, les ELS cessent leur attaque et repartent vers l’espace, tandis qu’une immense structure en forme de fleur apparaît, symbole de la compréhension mutuelle nouvellement acquise. Le film marque ainsi la fin du développement psychologique de Setsuna : autrefois enfant-soldat convaincu que les conflits ne pouvaient être résolus que par la force, il devient finalement celui qui réalise la vision d’Aeolia en choisissant le dialogue plutôt que la destruction. Sa dernière bataille lui le permet d'atteindre « l'éveil » qui consiste à accepter l’existence d’un autre, même lorsqu’il est radicalement différent de soi, et à trouver un moyen de le comprendre.
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